| Pemimpin fakultas/program diploma merupakan penanggung jawab utama pada fakultas/program diploma Dekan fakultas/direktur program diploma diangkat dan diberhentikan oleh rektor setelah mendapat pertimbangan senat fakultas/program diploma yang bersangkutan. | ||
| No | Nama | Jabatan |
| 1 | Suroso Hadi Wibowo, ST | Direktur PDP |
| 2 | Dr. Drs. Viv Djanat P., M.AppSc | Dekan FTIK |
| 3 | A. Sareh Arjono Tjandra, dr., Sp.PK | Dekan FK |
| 4 | Dr. Agus Subianto, Drs., M.Si. | Dekan FISIP |
| 5 | M. Khoirul Huda, SH, MH | Dekan FH |
| 6 | Dr. Hj. Dian Mulawarmanti, drg., MS | Dekan FKG |
| 7 | Bachtiar Susanto, Drs., MBA, Psi | Dekan F.Psi |
Satu-satunya PTS dengan pola ilmiah pokok IPTEK Kelautan 
Menghasilkan dokter gigi yang mampu mengguasai dan mengembangkan IPTEK kedokteran gigi. 
Mewujudkani lembaga pendidikan tinggi yang modern dan mengutamakan kualitas. 
Menghasilkan Pelaut handal sesuai standar DITJEN PERLA/STCW