Program Studi Teknik Sistem Perkapalan pada saat didirikan, yaitu tahun 1987 bernama Teknik Permesinan Kapal berdasarkan Surat Keputusan Menteri Pendididkan dam Kebudayaan Nomor : 0828/O/1987. Pada awalnya Program Studi Teknik Sistem Perkapalan di bawah pengelolaan Fakultas Teknik bersama-sama dengan Program Studi Teknik Perkapalan dan Teknik Elektro. Selanjutnya sejak tanggal 1 September 2008 Program Studi Teknik Sistem Perkapalan berada di bawah pengelolaan Fakultas Teknik dan Ilmu Kelautan yang merupakan penggabungan Fakultas Teknik dengan Fakultas Teknologi Kelautan dan Perikanan

Sejak didirikan sampai dengan tahun 2009 , Program Studi Teknik Sistem Perkapalan telah mengalami beberapa kali perubahan nama, yaitu tahun 2003 kembali bernama Teknik Permesinan Kapal. Kemudian dengan adanya penataan program studi oleh Ditjen Dikti, maka sejak tahun 2008 kembali menjadi Teknik Sistem Perkapalan.

Dalam rangka penjaminan mutu Program Studi Teknik Sistem Perkapalan telah tiga kali diakreditasi oleh BAN-PT, dengan peringkat akreditasi “B” (Baik).